هندسة التنقية هي مجال هندسي تقني شامل هدفه الأساسي هو القضاء على الملوثات أو السيطرة عليها في بيئة معينة. من الناحية اللغوية، يشمل مصطلح "التطهير" كلا من "التطهير" و"التطهير"، ويمتد إلى إزالة المواد الضارة والسيطرة عليها في الهواء والماء وأسطح المواد، وحتى الأنظمة البيولوجية. لذلك، لا تقتصر هندسة التنقية على تخصص أو صناعة واحدة ولكنها مجال متعدد التخصصات يشمل العلوم والهندسة البيئية، وهندسة التدفئة والتهوية وتكييف الهواء، والهندسة الكيميائية، والهندسة الطبية الحيوية، وعلوم الأغذية، وتربية الحيوانات، والطب البيطري، وحتى هندسة الورق ولب الورق.
بالمعنى الضيق، تشير هندسة التنقية عادةً إلى تكنولوجيا الغرف النظيفة باعتبارها جوهرها، حيث تتحكم بشكل منهجي في المعلمات مثل جودة الهواء ودرجة الحرارة والرطوبة والضغط وتنظيم تدفق الهواء وتركيز الجسيمات العالقة داخل مساحة معينة لإنشاء بيئة نظيفة يمكن التحكم فيها والتي تلبي متطلبات التصنيع الدقيق أو التجارب العلمية. بمعنى واسع، تتضمن هندسة الغرف النظيفة أيضًا تنقية ومعالجة مياه الصرف الصناعي ومياه الشرب، وتنقية اللب (إزالة الشوائب وفحص الألياف) في صناعة الورق، وتنقية المواد والإنتاج الأنظف في العمليات الكيميائية، وتنقية البيئة ومراقبة السلامة الحيوية في تربية الحيوانات والطب البيطري، وتنظيف الأسطح والمعالجة فائقة النظافة-في مجال الفيزياء. على الرغم من أن هندسة غرف الأبحاث في مختلف المجالات تختلف في أشياء محددة ووسائل تقنية، إلا أنها جميعًا تتبع النموذج الأساسي المتمثل في "تحديد مصادر التلوث-اختيار طرق التنقية-تنفيذ الضوابط الهندسية-المراقبة والصيانة".