مصطلح "تنقية" له تاريخ طويل في اللغة الصينية، ويعني في الأصل "جعل نظيفًا ونقيًا"، ويمكن أن يشير على نطاق واسع إلى جميع العمليات والتقنيات لإزالة الشوائب والقضاء على التلوث. تتضمن المصطلحات الإنجليزية المقابلة كلمة "تنقية" (التأكيد على النقاء) و"نظيفة" (التأكيد على النظافة). ولذلك، فإن التعبير الإنجليزي لهندسة الغرف النظيفة يتضمن "هندسة التنقية" أو "الهندسة النظيفة" أو "تكنولوجيا الغرف النظيفة" وغيرها. يحدد هذا المعنى الواسع أن هندسة غرف الأبحاث لها دلالات متميزة في مختلف التخصصات.
نشأت هندسة الغرف النظيفة الحديثة، مع تكنولوجيا الغرف النظيفة في جوهرها، في الخمسينيات من القرن الماضي. أثناء الحرب الكورية، اكتشف الجيش الأمريكي أن العديد من الأجهزة الإلكترونية كانت تتعطل بشكل متكرر بسبب تسرب الغبار، الأمر الذي حفز تطوير تكنولوجيا تنقية الهواء، وخاصة البحث وتطبيق مرشحات الهواء الجزيئي (HEPA) عالية الكفاءة-. في عام 1961، اقترح ويليس ويتفيلد من مختبرات سانديا الوطنية "التدفق الصفحي" (يسمى الآن رسميًا "التدفق أحادي الاتجاه") مخطط تنظيم تدفق الهواء النظيف، مما يمكّن غرف الأبحاث من تحقيق مستويات غير مسبوقة من النظافة. في نفس العام، أصدرت القوات الجوية الأمريكية أول معيار عالمي للغرف النظيفة، وفي عام 1963، تم نشر المعيار الفيدرالي الأمريكي FED-STD-209، مما يمثل التشكيل الأولي لنظام تكنولوجيا الغرف النظيفة. بعد ذلك، مع التطور السريع للصناعات مثل الدوائر المتكاملة والطب الحيوي، استمرت تكنولوجيا هندسة الغرف النظيفة في الابتكار والتطور.
في الصين، تم إصدار "قانون تصميم الغرف النظيفة" (GBJ 73-84) في عام 1984، وتم إصدار "قانون إنشاء وقبول الغرف النظيفة" (JGJ 71-90) في عام 1990. وبعد عدة مراجعات، تم تشكيل نظام قياسي وطني مع GB 50073-2013 "كود تصميم الغرف النظيفة" في جوهره. على المستوى الدولي، تعد سلسلة معايير ISO 14644، التي جمعتها اللجنة الفنية ISO/TC209، بمثابة المبادئ التوجيهية المشتركة للغرف النظيفة والبيئات الخاضعة للرقابة ذات الصلة. لقد اعتمدت بلدي هذه المعايير ونفذتها كسلسلة GB/T 25915.